Từ thế kỷ 13, người Tutsi, một sắc tộc chiếm khoảng 15% dân số ngày nay tại Rwanda, định cư tại Kenya và Tanzania đã di cư tới Rwanda rồi dần dần chiếm vai trò chính trị lớn trong xã hội Rwanda khi có thành viên của sắc tộc này này vươn lên làm thủ lĩnh, lãnh đạo những người Hutu bản địa, vốn chiếm tới 85% dân số. Những xung đột và khác biệt giữa người Hutu và Tutsi ngày càng lớn cả trên phương diện xã hội và kinh tế, nhất là khi kinh tế của người Hutu ngày càng phát triển. Sự đối lập trở nên rõ nét đặc biệt dưới thời kỳ thực dân Bỉ khi người Bỉ dành cho người Tutsi "quyền lãnh đạo" người Hutu, cho họ những đặc ân về nhà cửa, vị trí và giáo dục tốt hơn người Hutu[2].

Năm 1959, cuộc cách mạng dưới sự lãnh đạo của Grégore Kayibanda, người Hutu, đã giải phóng Rwanda thoát khỏi chế độ thực dân Bỉ. Ba năm sau, Grégore Kayibanda trở thành người lãnh đạo liên minh giữa người Hutu và người Tutsi vào năm 1962.

Tuy nhiên, đến đầu năm 1990 Rwanda rơi vào khủng hoảng kinh tế do sự trượt giá kim loại và cà phê trên toàn cầu, đã khiến đồng nội tệ của Rwanda sụt giảm tới 67% và sự suy giảm GDP tới 15%. Vào thời điểm này, những người Tutsi lưu vong tại Uganda thành lập Mặt trận yêu nước Rwanda (viết tắt là RPF). Cuộc khủng hoảng kinh tế tại Rwanda được coi là nguyên cớ để RPF tiến vào Rwanda năm 1993. Sự lo sợ bị người Tutsi trả đũa từ phía người Hutu, những người đã nắm quyền lãnh đạo đất nước hàng thập kỷ, có thể khiến họ buộc phải nghĩ đến việc ngăn chặn RPF nói riêng và người Tutsi nói chung.

Năm 1993, để tránh giao tranh và chia rẽ, chính phủ người Hutu và quân nổi dậy Tutsi chấp nhận chia sẻ quyền lực. Tuy nhiên, cho tới tận 6 tháng 4 năm 1994, Tổng thống Juvenal Habyarimana mới đồng ý đàm phán tại Burundi để thực thi Hiệp ước. Tối cùng ngày, trên đường về Kigali, chuyên cơ của tổng thống bị trúng đạn. Dù chưa xác định được quân nổi dậy Tutsi hay người Hutu đã bắn vào phi cơ của tổng thống, nhưng sự ra đi của tổng thống Juvenal Habyarimana đã châm ngòi cho nạn diệt chủng chỉ vài giờ sau đó[2]. Những nhà lãnh đạo cao cấp Hutu đã lợi dụng việc bắn vào máy bay Tổng thống là mốc khởi điểm để giết và xoá sạch những người Tutsi cũng như những người Hutu ôn hòa.[3]